9月底，南疆喀什、阿克苏、库尔勒大部分棉区手摘棉(40%衣分、13%以内水份)收购价7.20-7.30元/公斤，每提高一个衣份加价0.10元/公斤，最高限价7.60元/公斤，但阿克苏、巴楚等地少数轧花厂再次抢收，40%衣分籽棉收购价达7.40-7.45元/公斤，最高达到了7.70-7.80元/公斤。
由于籽棉收购价大幅高于轧花厂预期，2016/17年度新棉跟涨幅度缓慢，再加上油厂和贸易商收购棉籽的价格出现稳中回落，因此南疆部分轧花企业逐渐减收或停收观望，对于农民、棉花经纪人希望预售或提供保底价的要求予以拒绝。
阿克苏某棉企表示，9月17日开秤以来累计收购了500多吨籽棉，目前籽棉(40%衣分)收购价从7.10元/公斤上涨至7.45元/公斤，28日下午已停止收购。
目前皮棉价格倒挂情况越来越突出，棉企处于高风险状态。以7.40元/公斤收购价计算(40%衣分，13%以内水份，棉籽价格2.45-2.50元/公斤)，2128级(3128)直接成本约15700-15800元/吨(毛重)，再加上短倒、监管包干费、财务费用，仓库出货综合成本至少16000-16200元/吨，但目前喀什、阿克苏等地2016/17年度新棉的报价仅15300-15500元/吨，轧花厂净亏500-700元/吨。
